Bei der thermischen Desinfektion werden Legionellen durch Erhitzung des Wassers abgetötet. Dabei gibt es zwei Möglichkeiten: Entweder wird der Boiler so eingestellt, dass die Temperatur stetig auf einer sehr hohen Temperatur (> 70 °C) betrieben wird oder man stellt am Boiler das sogenannte intermittierende Aufheizen (Legionellenschaltung) ein.

Thermische Desinfektion durch stetig hohe Wassertemperatur
Vorteile:
- Legionellen werden sicher abgetötet
- Chemie wird nicht eingesetzt
Nachteile:
- Biofilme werden nicht entfernt
- Nicht alle Materialien sind für hohe Wassertemperaturen ausgelegt und können beschädigt werden
- Kinder oder Erwachsene können sich am Wasserhahn oder unter der Dusche verbrühen
- Ein erhöhter Energieaufwand wird benötigt
- Sind Biofilme vorhanden, erfolgt eine rasche Wiederverkeimung
- Kaltwasserleitungen werden bei diesem Verfahren nicht berücksichtigt
Legionellenschaltung (periodische Desinfektion)
Viele Boiler besitzen eine sogenannte Legionellenschaltung. Dabei wird der Boiler in regelmäßigen Abständen auf eine hohe Temperatur erwärmt.
Vorteile:
- keine Chemie im Einsatz
- Desinfektion im Erwärmen / Boiler
Nachteile:
- das Leitungsnetz wird nicht desinfiziert (außer man würde genau zum Zeitpunkt der Erwärmung alle Entnahmestellen öffnen)
- keine Wirkung auf Kaltwasserstränge
- keine Entfernung von Biofilmen